Благость небесная зовет всех к спасению и блаженству, но не всех одинаково. Одни слышат призвание ее еще с юности, другие — в летах зрелых; тех возбуждает она от сна душевного необычайными мерами, других — обыкновенными способами; одним является в знамениях и чудесах, другим — в каком-либо событии жизни. Это дело премудрости Божией, которая знает, кого и как позвать к себе. Наше же дело — внимать гласу Божию. Счастлив тот, кто, услышав голос Божий, верно следует ему, не изменяя до гроба. Таков был блаженный Иона Клименецкий.
Новгородский посадник Иоанн Климентов оставил сыну своему много богатства. Сын Иоанн спокойно занимался торговлей, как занимался и отец его.
Не раз Иоанн в карельском насаде (большой лодке) переплывал обширное Онежское озеро, простирающееся на 200 верст. Но однажды, возвращаясь из Повенца в Новгород с грузом соли, на середине озера застигнут он был страшной бурей. Долго насад носился по произволу волн, казалось, вот-вот неуправляемый насад должен был пойти ко дну. Иоанн стал просить у Господа избавления от смерти, обещая в случае спасения принять монашеский постриг. Его молитва была услышана, насад выбросило на остров Клименцы. Иоанн со слугами благодарил Бога и в это время услышал голос, повелевший ему построить обитель во имя Живоначальной Троицы. Здесь же в прибрежных кустах можжевельника чудесно обрел он икону Св. Троицы. На месте, куда его выбросили волны, он поставил крест, а на месте явления иконы — крест и часовню. Это было в 1490 году. Вернувшись в Новгород, Иоанн распорядился своим богатым имуществом и, приняв иноческий постриг с именем Иона, отправился на остров.
После возвращения на остров он построил два храма: во имя Святой Троицы во имя святителя и чудотворца Николая — покровителя мореплавателей и землепроходцев. Затем святой построил келлии и приготовил все необходимое для обители иноков. Троицкий Николо-Климецкий монастырь был основан около 1520 года. Так преподобный исполнил завет Госпола. Из бедного Нятинского монастыря, расположенного в трех верстах от новой обители, пришли братия. К ним присоединились иноки из других мест, желавшие безмолвия и уединения. Митрополит Московский Варлаам (1511—1512) благословил для храмов обители антиминсы и хотел поставил святого Иону настоятелем, но тот по смирению отказался. Преподобный Иона уговорил новгородского иеромонаха Тихона принять настоятельство, а сам подвизался как простой инок.
Преподобный Иона мирно скончался 6 июня 1534 года и был погребен у храма во имя святителя Николая. Над нетленными мощами святого впоследствии была построена часовня, а в царствование Елизаветы Петровны (1741—1761) — каменный храм во имя праведных Захарии и Елисаветы.
