Преподобный Иона был родом из селения Шокши, находящегося в 16 верстах к северу от основанной им Яшезерской пустыни. Местность, в которой стоит Яшезерская обитель, представляет собой каменистую пустыню. Начало основания обители было положено прп. Ионой в конце царствования Иоанна Васильевича Грозного (1533—1584). Тогда устроена была в монастыре деревянная церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы с приделом во имя свт. Николая Чудотворца. Около того же времени к прп. Ионе собралось восемь человек братии, чтобы разделить его пустынные труды и подвиги.
Много трудился прп. Иона над устроением обители. Своими руками выкопал он канаву из Яшезера в соседнее озеро Сенное для большего удобства рыбной ловли. По нуждам обители и ради ее пользы преподобный ездил верхом на лошади по глухим тропинкам окрестностей. Хранятся и доныне в монастыре две дорожные верховые кожаные сумы прп. Ионы. Сам подвижник вытачивал из дерева некоторые сосуды, употребляемые при богослужении. Напоминанием о таких трудах его служит выточенный им из карельской березы ковш для употребления под теплоту, также хранящийся в обители.
Слава, которую стяжал прп. Иона святостью жизни и неусыпным попечением об устроении обители, привлекла знатных покровителей и вкладчиков. В Яшезерскую пустынь при жизни преподобного жаловали различные предметы, чаще всего богослужебные книги: великая государыня инокиня Марфа Иоанновна, царь Василий Иоаннович Шуйский (1606—1610), кроме книг наделивший обитель пашенными, сенокосными, лесными и рыболовными угодьями.
Прп. Иона заслужил трудами и подвигами своими любовь и уважение от Соловецких игуменов Иакова (1581—1597) и прп. Иринарха (1613—1626; память 17/30 июля), а также от митрополита Новгородского Исидора (1603—1619), много также жертвовавших в бедную пустынную обитель. В 1628 г. в Яшезерском монастыре было уже два храма: прибавилась теплая с трапезной церковь в честь Преображения Господня.
Время кончины прп. Ионы точно не известно. Вероятно, она последовала в конце XVI или в начале XVII столетия. Мощи святого почивают под спудом в часовне под монастырской колокольней. Память его совершается местно.
