Преподобный Пахомий, в миру Иаков, родился в благочестивой семье священника св. Николаевской церкви в городе Владимире Игнатия и жены его Анны, и семи лет «отдан бысть учитися священным книгам», а потому из детства «навык Божественному Писанию» и утешением его было как можно чаще посещать храм Божий. Особенно любил он монастырь Рождества Пресвятой Богородицы, где почивали мощи св. благоверного великого князя Александра Невского. После кончины отца своего, с согласия матери, Иаков поступил туда и принял постриг с именем Пахомия. Ему тогда был 21 год. Новоначального инока поручили строгому старцу, который прежде всего научил его полному отречению от своей воли и иноческой сдержанности. Подчинялся он ему беспрекословно. Пахомий безропотно проходил в обители разные послушания (например в пекарне).
В 1352 году Пахомий по просьбе настоятеля был посвящен святителем Алексием, епископом Владимирским (впоследствии Московский митрополит), в диакона, а в 1365 году тем же святителем он был взят из Рождественского монастыря и поставлен игуменом Константинопольской обители.
Но, устроив эту обитель, Пахомий из любви к уединению тайно оставил братию и, нашедше в глубоком костромском лесу в двух верстах от селения Нерехты полуостров Сыпаново, отличавшийся своей красотой, решился здесь, на речке Гриденке, устроить пустынную обитель. Преподобный обратился к жителям посада Нерехты с просьбой поселиться и устроить обитель. Жители Нерехты приняли его с радостью, согласились и приняли посильное участие в устройстве обители, ибо монастыря в этом краю не было. Пахомий написал образ Св. Троицы, и с молебным пением и крестным ходом все пошли в Сыпаново, где и положили основание храма во имя Святой Троицы. Все дружно принялись за работу, и монастырь скоро был закончен.
Строгая благочестивая жизнь Пахомия привлекла к нему многих, которые имели желание поступить в обитель. Для братии преподобный составил устав иноческого жития, по правилу которого никто не должен иметь собственности и всякий обязан питаться трудами своих рук, обрабатывая землю. Монастырь был общежительным, и главным занятием иноков после молитвы должно быть земледелие. Преподобный Пахомий сам пахал, подавая другим пример. Но помня, что монастырь сооружен был руками мирян, преподобный построил для них за стенами гостиницу, где и принимал их, упокоевал и беседовал с ними.
Перед смертью назначив своим преемником Феодора (пришедшего к нему из Рождественского монастыря), преподобный скончался в 1384 году в глубокой старости со словами: «В руце твои, Господи, предаю дух мой», и был погребен в основанном им Троицком храме. Несметная толпа народа собралась на его погребение. Чудесно освобожденный от обуревания страстей ученик его Иринарх в благодарность написал образ Пахомия, а братия над могилой (по правую сторону алтаря Троицкой церкви) устроили гробницу и в ней поставили икону. В 1675 г., 5 мая, совершилось обретение святых его мощей, которые видели нетленными, и над ними был построен каменный храм во имя его.
