В числе пленных казанских татар был приведен в Москву в 1551 году мурза Туртас Гравирович. Он принял крещение с именем Сергий и жил в доме московского боярина Захария Плещеева. Святой Сергий так искренне воспринял христианскую веру, что решился всецело посвятить себя Богу. Обойдя иноческие пустыни на пустынном острове озера Кожи в 1560 году, он встретил инока-отшельника Нифонта и остался жить с ним. Они вместе стали делить подвиги суровой отшельнической жизни, пищей для них служила трава и частью ягоды. Сергий со всей точностью выполнял наставления Нифонта. После испытания, данного себе самому, Сергий просил старца постричь его в иночество. Старец, видя искренность и чистоту его желаний, назвал его при пострижении Серапионом.
Мало-помалу узнали строгих отшельников, и молва о них стала привлекать к ним ревнителей духовной жизни. Отшельническая жизнь Серапиона продолжалась почти 18 лет. Когда собралось к Нифонту и Серапиону довольное число иноков, Нифонт отправился в Москву просить земли для обители, но он скончался в Москве, не начав дела там. В обители не знали еще о судьбе Нифонта. В то время по недостатку съестных припасов стали чувствовать голод, и по состраданию к страждущим Серапион отправился испрашивать подаяние. Ему дали хлеба в зерне и жернова, он принес все это на себе в обитель и спас братию от голодной смерти. Узнав о кончине Нифонта, блаженный Серапион отравился в Москву. Здесь получил он у царя Феодора Иоанновича (1584—1598) грамоту от 30 сентября 1584 года, которой предоставлялась земля для новой обители по четыре версты во все стороны; а митрополитом дана грамота с благословением на устроение монастыря. Возвратясь на свое место, блаженный Серапион с иноками расчистил для пашни лес, оградил место обители оградой и соорудил два храма: в честь Святого Богоявления и святителя Николая. Патриарх Иов (1589—1605; +1607) дал преподобному Серапиону святые антиминсы.
В 1608 году, по прошению отягченного старостью подвижника, был поставлен во игумены обители ученик его Авраамий. Блаженный Серапион скончался 27 июня 1611 года, оставив после себя до 40 иноков в своей общежительной обители, и был погребен в храме Кожеезерской обители.
В 1613 году постриженник Кожеезерского монастыря инок Боголеп написал сказание об основании монастыря и о его первом строителе преподобном Серапионе. Он же составил и житие преподобного Серапиона.
